Monumento unico nel suo genere, questa piccola chiesa rupestre, completamente scavata nella parete tufacea, sorge su di un Mitreo Romano (III sec. d.C.) a sua volta impostato su un sepolcreto etrusco.

La struttura, nel corso dei secoli, ha mantenuto intatte alcune caratteristiche tipiche del culto mitraico come la scarsa illuminazione interna e nessun elemento architettonico esterno che ne permetta l’individuazione.

Trasformato in chiesa cristiana, molto probabilmente in seguito all'editto di Teodosio (380 d.C.) che segna la definitiva affermazione del Cristianesimo sulla religione pagana, venne dapprima intitolata  a S. Michele Arcangelo, a cui è dedicato l'affresco più significativo dell'ipogeo. Solo nel '700,  dopo che la struttura venne ampliata e dotata di un ingresso importante, e in seguito alla collocazione nell'abside dell'affresco della Natività, la Chiesa venne dedicata al culto della Vergine, assumendo il nome definitivo di “Chiesa della Madonna del Parto”.