Il fondo della conca craterica, oltre che dallo specchio d'acqua del lago, è occupato da coltivi che in quest'angolo di viterbese sono rappresentati tipicamente da noccioleti. Parte delle sponde presenta lembi anche estesi di canneto, come nell'area delle Pantanacce, e alberature a salici e pioppi. Quanto ai versanti acclivi della conca, sono invece ammantati da una fitta copertura forestale. Per le sue caratteristiche spicca tra i boschi della riserva la faggeta di monte Venere, l'altura sorta durante le ultime fasi eruttive del vulcano vicano. Di grande bellezza e ricca di esemplari maestosi, è classificata dai botanici come faggeta depressa perché situata a una quota insolitamente bassa per quest'albero tipico dei versanti appenninici. Tra le specie presenti nel sottobosco si segnalano l'agrifoglio, il pungitopo, la dafne laurella, le felci e ancora il narciso, la scilla silvestre, gli anemoni, i ciclamini, i gigli, numerose orchidee nonché oltre trecento specie di funghi.
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