La voragine del Merro ospita un lago con contorno circolare, di circa 30 metri di diametro ma di profondità non nota. La parte emersa della cavità è simile ad un grande imbuto che si raccorda al suolo formando una apertura subcircolare di circa 100 metri di diametro alla quota di 150 metri.
La superficie del lago si trova a circa 80 metri dall'orlo della voragine, alla quota di 70 metri, alla base di scoscese pareti in rocce calcaree che a tratti raggiungono la verticalità (settore settentrionale). Nel 2000 con l'ausilio di un robot dotato di elica e telecamera mobile l'esplorazione della cavità tocca i 310 metri di profondità. La telecamera mobile di cui è equipaggiato il robot non ha fornito segnali che lascino ritenere prossima la chiusura del condotto carsico invaso da acque limpidissime, alla temperatura di 16 °C e alla quota di -240 metri sotto il livello del mare.
La prosecuzione dell'esplorazione "indiretta" del lago del Merro ha per ora subito una sosta forzata, in attesa che un nuovo robot con caratteristiche tecniche adeguate a maggiori pressioni dell'acqua e di limitato ingombro possa fornire ai ricercatori dati e informazioni su un ambiente così particolare e per alcuni aspetti unico.
